Durch den Maisenisatz in Biogasanlagen wurde der Maisanbau in den letzten Jahren stark ausgeweitet. Zunehmend wird die Veränderung des Landschaftsbildes durch den verstärkten Maisanbau kritisiert. Ein weiterer Kritikpunkt ist die intensive Landwirtschaft, die für die Biogaserzeugung betrieben wird. Es gibt beispielsweise Annahmen, dass Emissionen des starken Klimagases Lachgas (N₂O), die aus der Stickstoffdüngung resultieren können, die CO₂-Einsparungen durch die Biogaserzeugung überwiegen. Daneben gibt es generelle Kritik an der Bioenergie, da eine zunehmende Flächenkonkurrenz beispielsweise zur Nahrungsmittelerzeugung besteht.

Um Maismonokulturen zu vermeiden, wird versucht, auch andere Feldfrüchte wie Sonnenblumen und Zuckerrüben für die Biogaserzeugung nutzbar zu machen. Da Mais als wärmebedürftige Pflanze erst spät gesät werden kann, wird versucht, die Vegetationsperiode, beispielsweise mit Grünroggen als Zwischenfrucht zur Erzeugung von Ganzpflanzensilage (GPS,) besser auszunutzen und so höhere Erträge pro Fläche und Jahr zu erzielen. Ein weiterer Vorteil ist, dass durch die winterliche Bodenbedeckung Nährstoffverluste und Erosion verringert werden. Auch Untersaaten sind möglich, beispielsweise um die Bodentragfähigkeit zu erhöhen und um Unkräuter zu unterdrücken.