Da aus dem Substrat nur geringe Mengen NH3 entweichen, verbleibt der größte Teil des Stickstoffs im Gärrest und macht diesen zu einem wertvollen Dünger. Durch die Abbauprozesse verringert sich der Anteil des in der Organik gebundenen Stickstoffs, während sich der Anteil an NH3 erhöht. Da sich bei der Vergärung der pH vom neutralen in den leicht basischen pH-Bereich (pH 8 bis 8,5) verschiebt, verschiebt sich auch das Gleichgewicht vom gut löslichen Ammonium NH4+ zum NH3. Bei der Lagerung und Ausbringung des Gärrestes besteht somit eine höhere Gefahr der Ausgasung des Ammoniaks. Positiv kann sein, daß der Stickstoff in dieser Form für Pflanzen schneller verfügbar ist. Wenn der Bedarf der Pflanze gering ist, kann der ausgebrachte Stickstoff unter Umständen jedoch nicht effektiv genutzt werden. Abhängig vom Verfahren zur Entschwefelung des Biogases kann zudem ein großer Teil des Schwefels in den Gärrest zurückgeführt werden. Auch andere mit dem Substrat zugeführte Nährstoffe wie Phosphor, Kalium, Magnesium, Calcium, etc. verbleiben im Gärrest. Die Nährstoffzusammensetzung des Gärrests schwankt stark, abhängig von den jeweils verwendeten Substraten. Positiv bewertet wird die im Vergleich zu Gülle geringe Viskosität des Gärrests, die ein schnelleres Eindringen in den Boden und somit verringerte Emissionen bedeutet.
Der Gärrest wird zunächst in einem Lagerbehälter gesammelt. Bei Neuanlagen ist eine gasdichte Abdeckung des Gärrestlagers vorgeschrieben, um Emissionen des starken Klimagases Methan (CH4) zu vermeiden.
Die Ausbringung des flüssigen Gärrestes erfolgt mit Güllefässern, fester Gärrest wird mit Miststreuern auf landwirtschaftlichen Flächen verteilt. Meist werden die Gärreste auf den Anbauflächen für das Substrat der Biogasanlage bzw. den Futteranbauflächen der gülleliefernden Viehhaltung ausgebracht. Dieses Rückführen sorgt für einen geschlossenen Nährstoffkreislauf. Positiv an der Verwendung von Gülle als Substrat ist, dass die bei der gängigen Güllelagerung auftretenden Methanemissionen verringert werden. Bei der Ausbringung von Gülle können Geruchsbelästigungen vor allem durch Ammoniak, organische Schwefelverbindungen, Schwefelwasserstoff (H2S) sowie organische Säuren auftreten. Abgesehen vom Ammoniak werden diese Verbindungen während der Vergärung abgebaut. Der Gärrest ist daher deutlich geruchsärmer als die eingesetzte Gülle.
In Deutschland schreibt die Düngeverordnung vor, dass der Gärrest nur zu bestimmten Zeiten auf landwirtschaftliche Flächen ausgebracht werden darf. So ist in den sogenannten Kernsperrfristen die Ausbringung von Gärrest auf Ackerland vom 1. November bis zum 31. Januar, die Ausbringung auf Grünland vom 15. November bis zum 31. Januar nicht erlaubt. In genehmigungspflichtigen Ausnahmefällen kann der Zeitpunkt der Kernsperrfrist, jedoch nicht die Länge der Frist verändert sein. Zweck der Verordnung und insbesondere der Kernsperrfristen ist der Gewässer- und Grundwasserschutz vor übermäßigem Nährstoffeintrag.