Der Landschaftsraum des Naturpark Bayerischer Wald beginnt an der Donau auf etwa 320 m über Meereshöhe. Dort gibt es noch letzte Auwaldreste und strukturreiche Altwasserarme. Der Lallinger Winkel und die Bereiche um Neukirchen beim Heiligen Blut sind bekannt für den Streuobstanbau. Auf dem Vorwaldkamm des Bayerischen Waldes, dem sogenannten Donaugebirge, haben sich genau wie in den Hochlagen des Inneren Bayerischen Waldes noch letzte Exemplare des bedrohten Auerhuhnes gehalten.
Eine ökologisch sehr reichhaltige Felsformation ist der Quarzpfahl. Er zieht sich in südöstlicher Richtung über ca. 140 km Länge von der benachbarten Oberpfalz bis nach Oberösterreich hin. Das verwitterungsresistentere Quarzgestein überragt die benachbart liegenden Gneise um einige Meter und bietet zahlreichen wärmeliebenden Tier- und Pflanzenarten Lebensraum. Im Inneren Bayerischen Wald gibt es noch strukturreiche Bergmischwälder und die typischen Hochlagen-Fichtenwälder mit Hochmooren und Schachtenflächen, den letzten Relikten der Waldweidewirtschaft.
Der Bayerische Wald zählt zu den größten geschlossenen Waldgebieten in Mitteleuropa und hat zusammen mit dem benachbarten Böhmerwald überragende Bedeutung im Natur- und Landschaftsschutz. Die teilweise noch naturnahen Wälder in der Grenzregion und die attraktive, historisch gewachsene Kulturlandschaft machen den Naturpark Bayerischer Wald zu einem wichtigen Baustein im Schutzkonzept für Großlandschaften.
Zahlreiche Tier- und Pflanzenarten, die im übrigen Bayern und sogar in der Bundesrepublik sehr selten geworden oder vom Aussterben bedroht sind, finden hier letzte Rückzugsgebiete.
Fischotter und Luchs sind hier noch oder wieder heimisch. Der Flussuferläufer, eine bundesweit vom Aussterben bedrohte Vogelart, hat hier sein größtes Vorkommen außerhalb der Alpen. Weitere, ansonsten äußerst seltene und gefährdete Arten wie Eisvogel und Wasseramsel bilden gute Bestände. In einigen wenigen Bächen des Naturparkgebietes kommt auch die einst häufige Flussperlmuschel vor. Insgesamt 18 von 19 in Bayern vorkommende Fledermausarten leben im Naturparkgebiet. Das Stollensystem des Silberberges bei Bodenmais bildet das größte Fledermauswinterquartier in Mitteleuropa, unter anderem mit mehreren hundert Exemplaren der Mopsfledermaus. Im Urwaldgebiet der Arberseewand kommen noch viele, seltene, auf naturnahe und totholzreiche Wälder angewiesene Vogelarten wie der Dreizehenspecht vor. Auch der Wanderfalke verbreitet sich in den letzten Jahren wieder verstärkt.
Eine charakteristische Art der Bergwiesen des Hinteren Bayerischen Waldes ist der seltene ungarische Enzian. Auf den Streu- und Magerwiesen des Naturparkgebietes wächst noch eine Reihe seltener Orchideenarten, darunter auch stark gefährdete wie die Holunderorchis. Die Arnika, eine immer seltener werdende Heilpflanze, hat hier einen ihrer letzten Verbreitungsschwerpunkte. Die Arberregion beherbergt einige weitere Besonderheiten. Der ca. zwei Hektar große Schwingrasen mit typischer Moorpflanzenvegetation am Westufer des eiszeitlichen Großen Arbersees besteht aus einem dichten, etwa ein bis zwei Meter mächtigen Wurzelgeflecht. Mit 1.456 m ist der Große Arber der höchste Berg im bayerisch-böhmischen Mittelgebirge. Als einziger erreicht er die von Natur aus waldfreie, subalpine Zone. Am Arber kommen deshalb auch viele eiszeitliche Reliktarten vor; Vögel wie die Alpenbraunelle und Pflanzen wie das Felsen-Straußgras oder der Krause Rollfarn haben hier ihr einziges Vorkommen außerhalb der Alpen.
Der Flusslauf der Ilz ist eine der letzten Wildflusslandschaften der Bundesrepublik Deutschland. Deswegen wurde er 2002/2003 zur Flusslandschaft des Jahres ausgerufen.
Träger des Naturparks ist ein als gemeinnützig anerkannter Verein. Neben den vier Landkreisen Regen, Freyung-Grafenau, Straubing-Bogen und Deggendorf sowie 89 Gemeinden sind etwa 70 Verbände und Vereine und ca. 270 Privatpersonen Mitglied. Es wird auf der Grundlage der Vereinssatzung, der Bayerischen Naturpark-Förderrichtlinien und der Naturpark-Verordnung gearbeitet.