Während des Tunnelbaus stoßen die Baumannschaften in zerklüftetem Gestein immer wieder auf Bergwasser, welches in die frisch ausgebrochenen Hohlräume eindringt. Dabei können Mengen von bis zu 400 Liter/s auftreten. Bauliche Maßnahmen müssen ergriffen werden, um ein Eindringen dieses Wassers in das spätere Tunnelgewölbe zu verhindern. Es wird später über die Gewölbedrainage abgeführt. Oft ist Bergwasser sulfat- oder chloridhaltig, wobei man in solchen Fällen von aggressivem Bergwasser spricht.

Für Kühlung und Reinigung wird während der Bauphase Frischwasser zugeführt, welches wieder aus dem Tunnel abgeführt werden muss und oft infolge Sprengstoffrückständen zu hohe Nitritkonzentrationen aufweist. Weitere Schadstoffe wie AOX, Mineralölkohlenwasserstoffe (MKW), Öl, Schwebstoffe sowie hohe pH-Werte können auftreten. Diese Abwässer müssen genauso wie aggressives Bergwasser in Wasseraufbereitungsanlagen außerhalb des Tunnels aufbereitet und abgekühlt werden.