Seit der sogenannten Tortilla-Krise zu Anfang des Jahres 2007 steht die Nutzung von Bioenergie in der Kritik. Die massive Verwendung von Mais zur Bioethanolerzeugung in den USA galt als wichtiger Grund für den starken Anstieg des Tortilla-Preises in Mexiko. Tortillas sind ein wichtiges Grundnahrungsmittel, insbesondere für den ärmsten Teil der mexikanischen Bevölkerung. Neben der Bioenergie-Nutzung werden aber auch andere Ursachen für die massiven Preisanstiege vermutet, beispielsweise das durch Dürren in Australien drohende verringerte Weltmarkt-Angebot, die gestiegene Nachfrage nach Fleisch in Schwellenländern wie China und Indien oder Spekulationen an der Börse.

Neben der in 2007 und 2008 stark diskutierten Flächenkonkurrenz zwischen Bioenergienutzung und Nahrungsmittelerzeugung ist im Bereich Biomasse zukünftig eine zunehmende Konkurrenz zur stofflichen Nutzung von Biomasse zu erwarten. Sowohl in Europa als auch in den USA gibt es zunehmende Bemühungen, die bisher fast vollständig erdölbasierte Chemieindustrie zunehmend mit nachwachsenden Rohstoffen zu versorgen. Bioraffinerien sollen diese Rohstoffe vor allem für die stoffliche Nutzung aufbereiten. Eine weiter Flächenkonkurrenz besteht zur Erhaltung der Biodiversität. So werden artenreiche Regenwälder abgeholzt, um Ölpalmen-Plantagen und Zuckerrohrfelder anzulegen. Um unter anderem bei Biokraftstoffen Mindeststandards festzulegen, wurde in 2008/ 2009 von der Fachagentur Nachwachsende Rohstoffe (FNR) ein Praxistest zur Zertifizierung durchgeführt.